I was at the 19th YSF and 44th FEBS conferences, in Krakow – Poland, during the last week (July 3rd to 11th) presenting my work about “Enhancing the catalytic power of Serine Hydroxymethyltransferase to produce commercially valuable compounds”. It was an excellent congress where I got some new ideas for the future. Thank you
Poster at EJIBCE 2018
Is the 5,10methylenetetrahydrofolate cofactor synthesized through a non-enzymatic or enzymatic mechanism?
Fernandes, H. S., Sousa, S. F., and Cerqueira, N. M. F. S. A.
Moléculas Magníficas – V Encontro Internacional da Casa das Ciências 2018
Conferência de especialidade
Dia 9 de Julho de 2018, 14h30
Auditório Grande do Centro Cultural Vila Flor
Moléculas Magníficas
Maria João Ramos, Pedro Alexandrino Fernandes e Henrique Fernandes – Departamento de Química e Bioquímica da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto
Todas as moléculas são magníficas, mas algumas são mais magníficas que outras. Nesta conferência vamos apresentar algumas das moléculas incrivelmente complexas que comandam a nossa biologia, falando do seu papel, da sua função e do que é que as faz tão magníficas e fascinantes. Vamos ainda mostrá-las de uma forma artística, recorrendo às mais modernas tecnologias gráficas, para criar obras de arte a partir da ciência e do conhecimento.
Esta conferência de especialidade será dividida em três partes. Numa primeira palestra, eu próprio apresentarei alguns dos recursos digitais que temos vindo a desenvolver para o ensino da química, que permitem levar as Moléculas Magníficas para a sala de aula, no sentido de não só facilitar o processo de aprendizagem, mas também, e fundamentalmente, para despertar nos estudantes o fascínio pela química e pela ciência. Numa segunda palestra, o nosso convidado Henrique Fernandes (estudante de doutoramento na Univ. do Porto) fará uma apresentação sobre um conjunto de Moléculas Magníficas específicas, mostrando a sua explicando o seu papel na nossa vida. Por fim, numa terceira e última palestra, a Prof.a Maria João Ramos apresentará a história da iniciativa Moléculas Magníficas, o seu nascimento, as várias iniciativas de disseminação que têm vindo a ser feitas, as várias exposições, e os projetos futuros.
Entre as palestras terão lugar momentos de debate com a assembleia de participantes.
Esta conferência de especialidade será dividida em três partes. Numa primeira palestra, eu próprio apresentarei alguns dos recursos digitais que temos vindo a desenvolver para o ensino da química, que permitem levar as Moléculas Magníficas para a sala de aula, no sentido de não só facilitar o processo de aprendizagem, mas também, e fundamentalmente, para despertar nos estudantes o fascínio pela química e pela ciência. Numa segunda palestra, o nosso convidado Henrique Fernandes (estudante de doutoramento na Univ. do Porto) fará uma apresentação sobre um conjunto de Moléculas Magníficas específicas, mostrando a sua explicando o seu papel na nossa vida. Por fim, numa terceira e última palestra, a Prof.a Maria João Ramos apresentará a história da iniciativa Moléculas Magníficas, o seu nascimento, as várias iniciativas de disseminação que têm vindo a ser feitas, as várias exposições, e os projetos futuros.
Entre as palestras terão lugar momentos de debate com a assembleia de participantes.
Poster | Encontro de Jovens Investigadores em Biologia Computacional Estrutural
Instituto Pedro Nunes, Coimbra
2015, 18th December
Poster: “Computational studies addressed to the catalytic mechanism of Histidine Decarboxylase”
Henrique S. Fernandes (1), Nuno M. F. S. A. Cerqueira (1)
(1) UCIBIO/REQUIMTE, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, Rua do Campo Alegre s/n, 4169-007 Porto, PT
Mammalian histidine decarboxylase (mHDC) is an enzyme that requires pyridoxal-5′-phosphate (PLP) as a cofactor [1]. mHDC belongs to the group II of PLP-dependent decarboxylases together with L-DOPA and glutamate decarboxylases, and catalyses the L-histidine decarboxylation from which results histamine.
Histamine plays a key role in several biological events such as immune response, gastric system modulation and as a neurotransmitter in the nervous system. Several inhibitors for histamine action have been studied in order to treat some diseases such as atopic dermatitis, allergies, and cancer.
mHDC has been studied for a long time, but only in 2012 Komori’s [2] group was able to determine X-ray structure of the enzyme and revealed the active site environment. Until date, only hypothesis about the mechanism of mHDC were available and based on homology models (that propose a different active site configuration).
In this work we are studying the catalytic mechanism of mHDC by computational means using the recent X-ray structure of mHDC and a QM/MM methodology.
The results have shown that mHDC catalyses the reaction in a two-step type of mechanism. The first step involves a decarboxylation that is followed by the formation of a carbanion. In the second step, the carbanion is protonated by a base from which results histamine. Our early results indicate that the first step is the limiting reaction step and the full reaction is endothermic by approximately 25 kcal/mol.
[1] Ngo HP, Cerqueira NMFSA, Kim JK, Hong MK, Fernandes PA, et al. 2014. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 70: 596-606;
[2] Komori H, Nitta Y, Ueno H, Higuchi Y. 2012. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 68: 675-7