Desenvolvimento de Software com Aplicação no Ensino Em Química e Biologia – VII Encontro da Divisão de Ensino e Divulgação da Química

Last Saturday (November 17th), I was presenting some of the software that we have developed at BioSIM research group to improve the way some chemical concepts are taught to our students.

VMD extensions, such as VMD Magazine, ToolBar, Protein Wars, and VMD Store were presented during the “VII Encontro da Divisão de Ensino e Divulgação da Química” conference. During the presentation, the software features were presented and were showed how these extensions can be used to engage young students to learn chemistry in a more pleasant and clear manner.

Moreover, the BioSIM Augmented Reality technology was presented for the first time, and it allows an easy and costless way to see molecules using augmented reality. See the video below:

Workshop “Utilização de software na simulação molecular” – V Encontro Internacional da Casa das Ciências

Utilização de software na simulação molecular

Inf F0-I1

Nuno Cerqueira, Sérgio Sousa, Henrique Fernandes e Carla Teixeira- Investigadores do DQB-FCUP

As tecnologias de informação e comunicação são nos dias de hoje uma ferramenta apelativa para o ensino da química. Neste contexto, salientam-se os programas de computador utilizados em modelação molecular que permitem visualizar e interpretar vários fenómenos químicos e que são normalmente difíceis de lecionar ou entendidos pelos alunos. Este workshop tem por objetivo a apresentação de vários programas de modelação molecular (como por exemplo Avogadro ou VMD) que permitem a visualização e edição de estruturas moleculares, bem como o cálculo de propriedades químicas de algumas moléculas. Todas as ferramentas apresentadas serão de acesso livre e por isso poderão ser instaladas e usadas pelos professores e alunos sem qualquer custo. Os exemplos abordados poderão ser mais tarde utilizados na sala de aula e permitir a construção de um ambiente de aprendizagem mais dinâmico e interativo, tornando o conteúdo lecionado mais estimulante e elucidativo para os alunos.
Informação aos formandos: os participantes deverão fazer-se acompanhar dos seus portáteis.

molUP is cover of the Journal of Computational Chemistry 39(19)

Cover

First published: 10 June 2018 | https://doi.org/10.1002/jcc.25372

Abstract

The molUP plugin, developed by Nuno Sousa Cerqueira and colleagues and described on page 1344, overcomes some of the most common problems in computational chemistry concerning the analysis of big data. MolUP was developed for use in the analysis of quantum chemistry (QM), QM/MM (molecular mechanics), and QM/QM calculations, molecular dynamics (MD) simulations, as well as the preparation of input files. MolUP also provides new tools to analyze and visualize existing computational chemistry information in a more userfriendly way that simplifies the current complex and time‐demanding practices used in the field. (DOI: 10.1002/jcc.25189)

Feira de Ciência – New Software Applications for Biomolecular Simulations

New Software Applications for Biomolecular Simulations: Applications to Chemistry and Biochemistry.

CHEMTECH DQB – Chemistry Technology Events at DQB – 2018

March 8th, 2018 – Departamento de Química e Bioquímica da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto

Descrição da Atividade

Realizou-se no Departamento de Química e Bioquímica da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto uma mini feira de ciência onde se mostraram os softwares desenvolvidos no grupo de Bioquímica Teórica e Computacional. Os softwares são todos eles extensões para o VMD (Visual Molecular Dynamics) um visualizador molecular gratuito desenvolvido pela Universidade Illinois.

Os participantes tiveram a oportunidade de falar com os desenvolvedores e experimentar os softwares, que sendo gratuitos podem ser mais tarde instalados e usados por cada um dos participantes.

Fica aqui o folheto que foi distribuído na sessão demonstrativa: Download

E ainda algumas fotografias do evento:

Organização

André F. Pina
Carla S. S. Teixeira
Henrique S. Fernandes
Juliana F. Rocha
Nuno M. F. S. A. Cerqueira
Sérgio F. Sousa

oniomFROZEN

oniomANALYSIS is a TCL script that allows an easy way to change the frozen status of each atom in Gaussian Hybrid Systems (ONIOM).

How to use?

Insert follow command in shell:

tclsh oniomFROZEN.tcl [A] [B] [C]

Where:

[A] is a flag which defines what type of job is going to be perfomed:

–readfile : residues of file \[C\] will be unfrozen and all others will be frozen

–frozenall : all atoms will be frozen

–unfrozenall : all atoms will be unfrozen

–invert : all previous unfrozen atoms will be frozen and all previous frozen atoms will be unfrozen

–invertnowater : equal to previous but all water molecules \(ResName=WAT\) will be frozen

[B] is the Gaussian 09 input file (.com)

[C] is a file with a list of residues (one number per line) to become unfrozen, frozen all other residues. ONLY works with the –readfile flag.

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DOI